比較提交
沒有共同的提交。「master」和「zzy-dev」的歷史完全不同。
@ -1,27 +0,0 @@
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package com.weilab.biology.config;
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import com.weilab.biology.service.JobService;
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import lombok.extern.slf4j.Slf4j;
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import org.springframework.beans.factory.annotation.Autowired;
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import org.springframework.context.annotation.Configuration;
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import org.springframework.scheduling.annotation.EnableScheduling;
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import org.springframework.scheduling.annotation.Scheduled;
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@Configuration
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@EnableScheduling
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@Slf4j
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public class StaticScheduleTask {
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@Autowired
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private JobService jobService;
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||||||
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/**
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* 一分钟执行一次
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*/
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||||||
@Scheduled(fixedRate = 60 * 1000L)
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||||||
public void crawlStudyRoomFrequently() {
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jobService.runJob();
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}
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}
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@ -3,10 +3,9 @@ package com.weilab.biology.controller;
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import cn.hutool.core.io.FileUtil;
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import cn.hutool.core.io.FileUtil;
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||||||
import cn.hutool.core.util.IdUtil;
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import cn.hutool.core.util.IdUtil;
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||||||
import cn.hutool.core.util.StrUtil;
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import cn.hutool.core.util.StrUtil;
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import cn.hutool.json.JSONUtil;
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import com.alibaba.fastjson.JSON;
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import com.alibaba.fastjson.JSON;
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import com.alibaba.fastjson.JSONObject;
|
import com.alibaba.fastjson.JSONObject;
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||||||
import com.weilab.biology.core.data.dto.AppConfigDto;
|
import com.baomidou.mybatisplus.core.toolkit.StringUtils;
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||||||
import com.weilab.biology.core.data.dto.JobDto;
|
import com.weilab.biology.core.data.dto.JobDto;
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||||||
import com.weilab.biology.core.data.enums.JobStatusEnum;
|
import com.weilab.biology.core.data.enums.JobStatusEnum;
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||||||
import com.weilab.biology.core.data.po.Job;
|
import com.weilab.biology.core.data.po.Job;
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||||||
@ -15,19 +14,18 @@ import com.weilab.biology.core.data.vo.result.Result;
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|||||||
import com.weilab.biology.core.data.vo.result.error.JobError;
|
import com.weilab.biology.core.data.vo.result.error.JobError;
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||||||
import com.weilab.biology.core.validation.EnumValidation;
|
import com.weilab.biology.core.validation.EnumValidation;
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||||||
import com.weilab.biology.mapper.JobMapper;
|
import com.weilab.biology.mapper.JobMapper;
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||||||
import com.weilab.biology.service.AppConfigService;
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||||||
import com.weilab.biology.service.JobService;
|
import com.weilab.biology.service.JobService;
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||||||
import com.weilab.biology.util.JobIdUtil;
|
import com.weilab.biology.util.FileUtils;
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||||||
import org.springframework.beans.factory.annotation.Autowired;
|
import org.springframework.beans.factory.annotation.Autowired;
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import org.springframework.web.bind.annotation.GetMapping;
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import org.springframework.beans.factory.annotation.Value;
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import org.springframework.web.bind.annotation.PathVariable;
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import org.springframework.web.bind.annotation.*;
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import org.springframework.web.bind.annotation.PostMapping;
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||||||
import org.springframework.web.bind.annotation.RequestMapping;
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||||||
import org.springframework.web.bind.annotation.RequestParam;
|
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||||||
import org.springframework.web.bind.annotation.RestController;
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||||||
import org.springframework.web.multipart.MultipartFile;
|
import org.springframework.web.multipart.MultipartFile;
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||||||
|
|
||||||
|
import java.io.BufferedInputStream;
|
||||||
|
import java.io.IOException;
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import java.time.LocalDateTime;
|
import java.time.LocalDateTime;
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import java.util.Arrays;
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||||||
|
import java.util.List;
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||||||
|
|
||||||
|
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||||||
@RestController
|
@RestController
|
||||||
@ -37,31 +35,77 @@ public class JobController {
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|||||||
@Autowired
|
@Autowired
|
||||||
private JobService jobService;
|
private JobService jobService;
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||||||
|
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||||||
@Autowired
|
|
||||||
private AppConfigService appConfigService;
|
|
||||||
|
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||||||
@Autowired
|
@Autowired
|
||||||
private JobMapper jobMapper;
|
private JobMapper jobMapper;
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||||||
|
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||||||
|
@Value("${biology.request-path}")
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||||||
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private String requestPath;
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||||||
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||||||
@PostMapping("/submit")
|
@PostMapping("/submit")
|
||||||
public Result submit(@RequestParam String appName,
|
public Result submit(@RequestParam(required = false) Long jobId,
|
||||||
@RequestParam(required = false) String jobId,
|
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||||||
@RequestParam(required = false) String dataStr,
|
@RequestParam(required = false) String dataStr,
|
||||||
@RequestParam(required = false) MultipartFile dataFile,
|
@RequestParam(required = false) MultipartFile dataFile,
|
||||||
@RequestParam(defaultValue = "{}") String param,
|
@RequestParam String param,
|
||||||
@RequestParam String mail,
|
@RequestParam String mail,
|
||||||
@RequestParam(defaultValue = "0") Integer type) {
|
@RequestParam(defaultValue = "0") Integer type,
|
||||||
if (dataFile == null && StrUtil.isBlank(dataStr)) {
|
@RequestParam(required = false) MultipartFile file1,
|
||||||
|
@RequestParam(required = false) MultipartFile file2,
|
||||||
|
@RequestParam(required = false) MultipartFile file3,
|
||||||
|
@RequestParam(required = false) MultipartFile file4,
|
||||||
|
@RequestParam(required = false) MultipartFile file5,
|
||||||
|
@RequestParam(required = false) MultipartFile file6,
|
||||||
|
@RequestParam(required = false) MultipartFile file7,
|
||||||
|
@RequestParam(required = false) MultipartFile file8,
|
||||||
|
@RequestParam(required = false) MultipartFile file9,
|
||||||
|
@RequestParam(required = false) MultipartFile file10,
|
||||||
|
@RequestParam(required = false) MultipartFile file11,
|
||||||
|
@RequestParam(required = false) MultipartFile file12,
|
||||||
|
@RequestParam(required = false) MultipartFile file13,
|
||||||
|
@RequestParam(required = false) MultipartFile file14,
|
||||||
|
@RequestParam(required = false) MultipartFile file15,
|
||||||
|
@RequestParam(required = false) MultipartFile file16,
|
||||||
|
@RequestParam(required = false) MultipartFile file17,
|
||||||
|
@RequestParam(required = false) MultipartFile file18,
|
||||||
|
@RequestParam(required = false) MultipartFile file19,
|
||||||
|
@RequestParam(required = false) MultipartFile file20) {
|
||||||
|
if (dataFile == null && StringUtils.isBlank(dataStr)) {
|
||||||
return Result.getResult(JobError.PARAM_CAN_NOT_BE_EMPTY);
|
return Result.getResult(JobError.PARAM_CAN_NOT_BE_EMPTY);
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
AppConfigDto appConfig = appConfigService.getAppConfig(appName);
|
// 解析param字符串为map对象
|
||||||
if (appConfig == null) {
|
JSONObject reqParamMap = null;
|
||||||
return Result.getResult(JobError.APP_NOT_FOUND);
|
try {
|
||||||
|
reqParamMap = JSON.parseObject(param);
|
||||||
|
} catch (Exception e) {
|
||||||
|
return Result.getResult(CommonError.PARAM_WRONG);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// 写入file文件，并将文件路径放入paramMap
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||||||
|
try {
|
||||||
|
List<MultipartFile> files = Arrays.asList(file1, file2, file3, file4, file5,
|
||||||
|
file6, file7, file8, file9, file10, file11, file12, file13, file14, file15,
|
||||||
|
file16, file17, file18, file19, file20);
|
||||||
|
for (MultipartFile file : files) {
|
||||||
|
if (file != null) {
|
||||||
|
String filePath = requestPath + FileUtil.FILE_SEPARATOR + "file" + FileUtil.FILE_SEPARATOR
|
||||||
|
+ IdUtil.fastUUID() + "." + FileUtil.extName(file.getOriginalFilename());
|
||||||
|
FileUtil.writeFromStream(file.getInputStream(), filePath);
|
||||||
|
reqParamMap.put(file.getName(), filePath);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
} catch (IOException e) {
|
||||||
|
e.printStackTrace();
|
||||||
|
return Result.getResult(JobError.FILE_READ_FAIL);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// 将请求数据file转为InputStream
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||||||
|
BufferedInputStream dataStream = null;
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||||||
|
if (dataFile != null) {
|
||||||
|
dataStream = FileUtil.getInputStream(FileUtils.multipartToFile(dataFile));
|
||||||
}
|
}
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||||||
|
|
||||||
Job job = null;
|
Job job = null;
|
||||||
if (StrUtil.isNotBlank(jobId)) {
|
if (jobId != null) {
|
||||||
// jobId不为空，从数据库获取已创建的任务
|
// jobId不为空，从数据库获取已创建的任务
|
||||||
job = jobMapper.selectById(jobId);
|
job = jobMapper.selectById(jobId);
|
||||||
if (job == null) {
|
if (job == null) {
|
||||||
@ -69,56 +113,36 @@ public class JobController {
|
|||||||
}
|
}
|
||||||
} else {
|
} else {
|
||||||
job = new Job();
|
job = new Job();
|
||||||
job.setJobId(JobIdUtil.newId());
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
// 解析param字符串为map对象
|
if (!StrUtil.isEmpty(job.getParam())) {
|
||||||
JSONObject reqParamMap = null;
|
JSONObject params = JSON.parseObject(job.getParam());
|
||||||
try {
|
params.putAll(reqParamMap);
|
||||||
reqParamMap = JSON.parseObject(param);
|
reqParamMap = params;
|
||||||
reqParamMap.put("type", type);
|
job.setParam(JSON.toJSONString(reqParamMap));
|
||||||
} catch (Exception e) {
|
|
||||||
return Result.getResult(CommonError.PARAM_WRONG);
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
// 将reqParam覆盖添加到原有job的param中
|
job.setData("");
|
||||||
JSONObject params = JSON.parseObject(job.getParam());
|
|
||||||
if (params == null) {
|
|
||||||
params = new JSONObject();
|
|
||||||
}
|
|
||||||
params.putAll(reqParamMap);
|
|
||||||
job.setParam(JSON.toJSONString(params));
|
|
||||||
job.setAppId(appConfig.getAppId());
|
|
||||||
job.setMail(mail);
|
job.setMail(mail);
|
||||||
job.setStatus(JobStatusEnum.WAITING.getKey());
|
job.setStatus(JobStatusEnum.WAIT.getKey());
|
||||||
job.setCreateTime(LocalDateTime.now());
|
job.setRequestTime(LocalDateTime.now());
|
||||||
job.setType(type);
|
job.setType(type);
|
||||||
|
|
||||||
return jobService.submit(appConfig, dataStr, dataFile, reqParamMap, job);
|
return jobService.submit(dataStr, dataStream, reqParamMap, job);
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
@PostMapping("/create")
|
@PostMapping("/create")
|
||||||
public Result createJob(@RequestParam String appName) {
|
public Result createJob() {
|
||||||
AppConfigDto appConfig = appConfigService.getAppConfig(appName);
|
|
||||||
if (appConfig == null) {
|
|
||||||
return Result.getResult(JobError.APP_NOT_FOUND);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
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||||||
Job job = new Job();
|
Job job = new Job();
|
||||||
job.setJobId(JobIdUtil.newId());
|
|
||||||
job.setAppId(appConfig.getAppId());
|
|
||||||
job.setParam("{}");
|
job.setParam("{}");
|
||||||
job.setStatus(JobStatusEnum.CREATING.getKey());
|
job.setStatus(JobStatusEnum.CREATING.getKey());
|
||||||
job.setCreateTime(LocalDateTime.now());
|
job.setRequestTime(LocalDateTime.now());
|
||||||
jobMapper.insert(job);
|
jobMapper.insert(job);
|
||||||
return Result.success(JobDto.parseJob(job));
|
return Result.success(JobDto.parseJob(job));
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
* 上传文件接口，将文件地址保存至本地，并将路径放入参数中
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
@PostMapping("/file/upload")
|
@PostMapping("/file/upload")
|
||||||
public Result uploadFile(@RequestParam String jobId,
|
public Result uploadFile(@RequestParam Long jobId,
|
||||||
@RequestParam String fileKey,
|
@RequestParam String fileKey,
|
||||||
@RequestParam MultipartFile file) {
|
@RequestParam MultipartFile file) {
|
||||||
Job job = jobMapper.selectById(jobId);
|
Job job = jobMapper.selectById(jobId);
|
||||||
@ -126,65 +150,62 @@ public class JobController {
|
|||||||
return Result.getResult(JobError.JOB_NOT_FOUND);
|
return Result.getResult(JobError.JOB_NOT_FOUND);
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
AppConfigDto appConfig = AppConfigDto.parse(appConfigService.getById(job.getAppId()));
|
|
||||||
JSONObject params = JSON.parseObject(job.getParam());
|
JSONObject params = JSON.parseObject(job.getParam());
|
||||||
try {
|
try {
|
||||||
String extName = FileUtil.extName(file.getOriginalFilename());
|
if (file != null) {
|
||||||
if (!StrUtil.isEmpty(extName)) {
|
String extName = FileUtil.extName(file.getOriginalFilename());
|
||||||
extName = StrUtil.DOT + extName;
|
if (!StrUtil.isEmpty(extName)) {
|
||||||
}
|
extName = StrUtil.DOT + extName;
|
||||||
String filePath = appConfig.getRequestPath() + jobId + FileUtil.FILE_SEPARATOR
|
}
|
||||||
+ IdUtil.fastUUID() + extName;
|
String filePath = requestPath + FileUtil.FILE_SEPARATOR + jobId + FileUtil.FILE_SEPARATOR
|
||||||
FileUtil.writeFromStream(file.getInputStream(), filePath);
|
+ IdUtil.fastUUID() + extName;
|
||||||
params.put(fileKey, filePath);
|
FileUtil.writeFromStream(file.getInputStream(), filePath);
|
||||||
|
params.put(fileKey, filePath);
|
||||||
|
|
||||||
job.setParam(JSON.toJSONString(params));
|
job.setParam(JSON.toJSONString(params));
|
||||||
jobMapper.updateById(job);
|
jobMapper.updateById(job);
|
||||||
return Result.success(JobDto.parseJob(job));
|
return Result.success(JobDto.parseJob(job));
|
||||||
|
}
|
||||||
} catch (Exception e) {
|
} catch (Exception e) {
|
||||||
e.printStackTrace();
|
e.printStackTrace();
|
||||||
return Result.fail();
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
return Result.fail();
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
@PostMapping("/status/update")
|
@PostMapping("/status/update")
|
||||||
public Result updateJobStatus(@RequestParam String jobId,
|
public Result updateJobStatus(@RequestParam Integer jobId,
|
||||||
@EnumValidation(clazz = JobStatusEnum.class, message = "没有此状态") @RequestParam Integer status,
|
@EnumValidation(clazz = JobStatusEnum.class, message = "没有此状态")
|
||||||
|
@RequestParam Integer status,
|
||||||
@RequestParam(required = false) String result) {
|
@RequestParam(required = false) String result) {
|
||||||
if (status.equals(JobStatusEnum.WAITING.getKey())) {
|
if (status.equals(JobStatusEnum.WAIT.getKey()))
|
||||||
return Result.getResult(CommonError.PARAM_WRONG);
|
return Result.getResult(CommonError.PARAM_WRONG);
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (status.equals(JobStatusEnum.SUCCESS.getKey())) {
|
if (status.equals(JobStatusEnum.SUCCESS.getKey())) {
|
||||||
if (!JSONUtil.isJson(result)) {
|
if (StringUtils.isBlank(result))
|
||||||
|
return Result.getResult(CommonError.PARAM_WRONG);
|
||||||
|
try {
|
||||||
|
JSON.parseObject(result);
|
||||||
|
} catch (Exception e) {
|
||||||
return Result.getResult(CommonError.PARAM_WRONG);
|
return Result.getResult(CommonError.PARAM_WRONG);
|
||||||
}
|
}
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
return jobService.updateJobStatus(jobId, JobStatusEnum.getEnumByKey(status), result);
|
||||||
Job job = jobMapper.selectById(jobId);
|
|
||||||
if (job == null) {
|
|
||||||
return Result.getResult(CommonError.CONTENT_NOT_FOUND);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
return jobService.updateJobStatus(job, JobStatusEnum.getEnumByKey(status), result);
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
@GetMapping("/info/{jobId}")
|
@GetMapping("/info/{jobId}")
|
||||||
public Result getJobInfo(@PathVariable String jobId) {
|
public Result getJobInfo(@PathVariable Integer jobId) {
|
||||||
return jobService.getJobInfo(jobId);
|
return jobService.getJobInfo(jobId);
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
@GetMapping("/list")
|
@GetMapping("/list")
|
||||||
public Result getJobList(@RequestParam String appName,
|
public Result getJobList(@RequestParam(required = false) Integer type) {
|
||||||
@RequestParam(required = false) Integer type,
|
return jobService.getJobList(type);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@GetMapping("/list/v2")
|
||||||
|
public Result getJobList(@RequestParam(required = false) Integer type,
|
||||||
@RequestParam(defaultValue = "true") Boolean filterCreating,
|
@RequestParam(defaultValue = "true") Boolean filterCreating,
|
||||||
@RequestParam(defaultValue = "1") Integer page,
|
@RequestParam(defaultValue = "1") Integer page,
|
||||||
@RequestParam(defaultValue = "100") Integer size) {
|
@RequestParam(defaultValue = "100") Integer size) {
|
||||||
AppConfigDto appConfig = appConfigService.getAppConfig(appName);
|
return jobService.getJobList(type, filterCreating, page, size);
|
||||||
if (appConfig == null) {
|
|
||||||
return Result.getResult(JobError.APP_NOT_FOUND);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
return jobService.getJobList(appConfig.getAppId(), type, filterCreating, page, size);
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|||||||
@ -1,94 +0,0 @@
|
|||||||
package com.weilab.biology.core.data.dto;
|
|
||||||
|
|
||||||
import com.alibaba.fastjson.JSON;
|
|
||||||
import com.alibaba.fastjson.JSONObject;
|
|
||||||
import com.weilab.biology.core.data.po.AppConfig;
|
|
||||||
import lombok.Data;
|
|
||||||
import lombok.EqualsAndHashCode;
|
|
||||||
import lombok.experimental.Accessors;
|
|
||||||
|
|
||||||
import java.io.File;
|
|
||||||
import java.io.Serializable;
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
* 应用配置信息Dto
|
|
||||||
*
|
|
||||||
* @author yurui
|
|
||||||
* @date 2023/5/5
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
@Data
|
|
||||||
@EqualsAndHashCode(callSuper = false)
|
|
||||||
@Accessors(chain = true)
|
|
||||||
public class AppConfigDto implements Serializable {
|
|
||||||
|
|
||||||
private static final long serialVersionUID = 1L;
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
* 应用ID
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
private Integer appId;
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
* 应用名
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
private String appName;
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
* 并发数
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
private Integer concurrentNum;
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
* 命令行
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
private String cmd;
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
* 任务超时时间(单位:分钟)
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
private Long timeout;
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
* 放置文件的路径
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
private String localPath;
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
* 放置请求参数文件的路径
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
private String requestPath;
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
* 放置结果文件的路径
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
private String resultPath;
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
* 放置日志文件的路径
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
private String logPath;
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
* 邮件格式(json格式:{"subject":"**","success":"**"})
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
private JSONObject emailTemplate;
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
public static AppConfigDto parse(AppConfig o) {
|
|
||||||
if (o == null) {
|
|
||||||
return null;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
return new AppConfigDto()
|
|
||||||
.setAppId(o.getAppId())
|
|
||||||
.setAppName(o.getAppName())
|
|
||||||
.setConcurrentNum(o.getConcurrentNum())
|
|
||||||
.setCmd(o.getCmd())
|
|
||||||
.setTimeout(o.getTimeout())
|
|
||||||
.setLocalPath(o.getLocalPath())
|
|
||||||
.setRequestPath(o.getLocalPath() + File.separator + "request" + File.separator)
|
|
||||||
.setResultPath(o.getLocalPath() + File.separator + "result" + File.separator)
|
|
||||||
.setLogPath(o.getLocalPath() + File.separator + "log" + File.separator)
|
|
||||||
.setEmailTemplate(JSON.parseObject(o.getEmailTemplate()));
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
@ -2,6 +2,9 @@ package com.weilab.biology.core.data.dto;
|
|||||||
|
|
||||||
import com.alibaba.fastjson.JSON;
|
import com.alibaba.fastjson.JSON;
|
||||||
import com.alibaba.fastjson.JSONObject;
|
import com.alibaba.fastjson.JSONObject;
|
||||||
|
import com.baomidou.mybatisplus.annotation.IdType;
|
||||||
|
import com.baomidou.mybatisplus.annotation.TableField;
|
||||||
|
import com.baomidou.mybatisplus.annotation.TableId;
|
||||||
import com.fasterxml.jackson.annotation.JsonFormat;
|
import com.fasterxml.jackson.annotation.JsonFormat;
|
||||||
import com.weilab.biology.core.data.enums.JobStatusEnum;
|
import com.weilab.biology.core.data.enums.JobStatusEnum;
|
||||||
import com.weilab.biology.core.data.po.Job;
|
import com.weilab.biology.core.data.po.Job;
|
||||||
@ -9,20 +12,17 @@ import lombok.AllArgsConstructor;
|
|||||||
import lombok.Data;
|
import lombok.Data;
|
||||||
import lombok.NoArgsConstructor;
|
import lombok.NoArgsConstructor;
|
||||||
|
|
||||||
import java.io.Serializable;
|
|
||||||
import java.time.LocalDateTime;
|
import java.time.LocalDateTime;
|
||||||
|
|
||||||
@Data
|
@Data
|
||||||
@AllArgsConstructor
|
@AllArgsConstructor
|
||||||
@NoArgsConstructor
|
@NoArgsConstructor
|
||||||
public class JobDto implements Serializable {
|
public class JobDto {
|
||||||
|
|
||||||
private static final long serialVersionUID = 1L;
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
/**
|
||||||
* jobId
|
* jobId
|
||||||
*/
|
*/
|
||||||
private String jobId;
|
private Integer jobId;
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
/**
|
||||||
* 任务状态
|
* 任务状态
|
||||||
|
|||||||
@ -21,7 +21,7 @@ public class JobLessDto {
|
|||||||
/**
|
/**
|
||||||
* jobId
|
* jobId
|
||||||
*/
|
*/
|
||||||
private String jobId;
|
private Integer jobId;
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
/**
|
||||||
* 任务状态
|
* 任务状态
|
||||||
|
|||||||
@ -6,37 +6,16 @@ import java.util.HashMap;
|
|||||||
import java.util.Map;
|
import java.util.Map;
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
/**
|
||||||
* 任务状态的枚举类
|
* 校区的枚举类
|
||||||
*/
|
*/
|
||||||
@Getter
|
@Getter
|
||||||
public enum JobStatusEnum {
|
public enum JobStatusEnum {
|
||||||
/**
|
WAIT(0, "waiting"),
|
||||||
* 等待运行
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
WAITING(0, "waiting"),
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
* 正在运行
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
RUNNING(1, "running"),
|
RUNNING(1, "running"),
|
||||||
/**
|
|
||||||
* 任务执行成功
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
SUCCESS(2, "success"),
|
SUCCESS(2, "success"),
|
||||||
/**
|
|
||||||
* 已发送请求
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
REQED(3, "requested"),
|
REQED(3, "requested"),
|
||||||
/**
|
|
||||||
* 任务执行失败
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
FAIL(-1, "failed"),
|
FAIL(-1, "failed"),
|
||||||
/**
|
|
||||||
* 运行超时
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
TIMEOUT(-2, "timeout"),
|
TIMEOUT(-2, "timeout"),
|
||||||
/**
|
|
||||||
* 正在创建
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
CREATING(-3, "creating"),
|
CREATING(-3, "creating"),
|
||||||
;
|
;
|
||||||
|
|
||||||
|
|||||||
@ -1,71 +0,0 @@
|
|||||||
package com.weilab.biology.core.data.po;
|
|
||||||
|
|
||||||
import com.baomidou.mybatisplus.annotation.TableField;
|
|
||||||
import com.baomidou.mybatisplus.annotation.TableName;
|
|
||||||
import com.baomidou.mybatisplus.annotation.IdType;
|
|
||||||
import com.baomidou.mybatisplus.annotation.TableId;
|
|
||||||
import java.io.Serializable;
|
|
||||||
import lombok.Data;
|
|
||||||
import lombok.EqualsAndHashCode;
|
|
||||||
import lombok.experimental.Accessors;
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
* <p>
|
|
||||||
* 应用配置信息
|
|
||||||
* </p>
|
|
||||||
*
|
|
||||||
* @author skyyemperor
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
@Data
|
|
||||||
@EqualsAndHashCode(callSuper = false)
|
|
||||||
@Accessors(chain = true)
|
|
||||||
@TableName("app_config")
|
|
||||||
public class AppConfig implements Serializable {
|
|
||||||
|
|
||||||
private static final long serialVersionUID = 1L;
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
* 应用ID
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
@TableId(value = "app_id", type = IdType.AUTO)
|
|
||||||
private Integer appId;
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
* 应用名
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
@TableField("app_name")
|
|
||||||
private String appName;
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
* 并发数
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
@TableField("concurrent_num")
|
|
||||||
private Integer concurrentNum;
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
* 命令行
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
@TableField("cmd")
|
|
||||||
private String cmd;
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
* 任务超时时间(单位:分钟)
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
@TableField("timeout")
|
|
||||||
private Long timeout;
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
* 放置文件的路径
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
@TableField("local_path")
|
|
||||||
private String localPath;
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
* 邮件格式(json格式:{"subject":"**","success":"**","waiting":"**".....})
|
|
||||||
* 参照com.weilab.biology.core.data.enums.JobStatusEnum
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
@TableField("email_template")
|
|
||||||
private String emailTemplate;
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
@ -4,13 +4,17 @@ import com.baomidou.mybatisplus.annotation.IdType;
|
|||||||
import com.baomidou.mybatisplus.annotation.TableField;
|
import com.baomidou.mybatisplus.annotation.TableField;
|
||||||
import com.baomidou.mybatisplus.annotation.TableId;
|
import com.baomidou.mybatisplus.annotation.TableId;
|
||||||
import com.baomidou.mybatisplus.annotation.TableName;
|
import com.baomidou.mybatisplus.annotation.TableName;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.Serializable;
|
||||||
|
import java.time.LocalDate;
|
||||||
|
import java.time.LocalDateTime;
|
||||||
|
import java.util.Date;
|
||||||
|
|
||||||
|
import jnr.ffi.annotations.In;
|
||||||
import lombok.AllArgsConstructor;
|
import lombok.AllArgsConstructor;
|
||||||
import lombok.Data;
|
import lombok.Data;
|
||||||
import lombok.NoArgsConstructor;
|
import lombok.NoArgsConstructor;
|
||||||
|
|
||||||
import java.io.Serializable;
|
|
||||||
import java.time.LocalDateTime;
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
/**
|
||||||
* Created by skyyemperor on 2021-09-19
|
* Created by skyyemperor on 2021-09-19
|
||||||
* Description :
|
* Description :
|
||||||
@ -23,14 +27,14 @@ public class Job implements Serializable {
|
|||||||
/**
|
/**
|
||||||
* jobId
|
* jobId
|
||||||
*/
|
*/
|
||||||
@TableId(value = "job_id", type = IdType.INPUT)
|
@TableId(value = "job_id", type = IdType.AUTO)
|
||||||
private String jobId;
|
private Integer jobId;
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
/**
|
||||||
* 应用ID
|
* 基因序列数据
|
||||||
*/
|
*/
|
||||||
@TableField(value = "app_id")
|
@TableField(value = "`data`")
|
||||||
private Integer appId;
|
private String data;
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
/**
|
||||||
* 请求参数
|
* 请求参数
|
||||||
@ -75,12 +79,13 @@ public class Job implements Serializable {
|
|||||||
private LocalDateTime completeTime;
|
private LocalDateTime completeTime;
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
/**
|
||||||
* 任务类型
|
* 请求类型
|
||||||
*/
|
*/
|
||||||
@TableField(value = "type")
|
@TableField(value = "type")
|
||||||
private Integer type;
|
private Integer type;
|
||||||
|
|
||||||
public Job(String data, String param, String mail, Integer status, LocalDateTime requestTime, Integer type) {
|
public Job(String data, String param, String mail, Integer status, LocalDateTime requestTime, Integer type) {
|
||||||
|
this.data = data;
|
||||||
this.param = param;
|
this.param = param;
|
||||||
this.mail = mail;
|
this.mail = mail;
|
||||||
this.status = status;
|
this.status = status;
|
||||||
|
|||||||
@ -9,9 +9,8 @@ import com.weilab.biology.core.data.vo.result.ResultError;
|
|||||||
public enum JobError implements ResultError {
|
public enum JobError implements ResultError {
|
||||||
PARAM_CAN_NOT_BE_EMPTY(40100, "文本框和文件不能同时为空"),
|
PARAM_CAN_NOT_BE_EMPTY(40100, "文本框和文件不能同时为空"),
|
||||||
FILE_READ_FAIL(40101, "文件读取出错"),
|
FILE_READ_FAIL(40101, "文件读取出错"),
|
||||||
STATUS_UPDATE_FAIL(40102, "当前状态下不允许更新为指定状态"),
|
STATUS_UPDATE_FAIL(40102,"当前状态下不允许更新为指定状态"),
|
||||||
JOB_NOT_FOUND(40103, "任务不存在"),
|
JOB_NOT_FOUND(40103,"当前状态下不允许更新为指定状态"),
|
||||||
APP_NOT_FOUND(40104, "应用不存在"),
|
|
||||||
;
|
;
|
||||||
|
|
||||||
private int code;
|
private int code;
|
||||||
|
|||||||
@ -1,21 +0,0 @@
|
|||||||
package com.weilab.biology.mapper;
|
|
||||||
|
|
||||||
import com.weilab.biology.core.data.po.AppConfig;
|
|
||||||
import com.baomidou.mybatisplus.core.mapper.BaseMapper;
|
|
||||||
import org.apache.ibatis.annotations.Mapper;
|
|
||||||
import org.apache.ibatis.annotations.Param;
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
* <p>
|
|
||||||
* 应用配置信息 Mapper 接口
|
|
||||||
* </p>
|
|
||||||
*
|
|
||||||
* @author
|
|
||||||
* @since 2023-05-05
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
@Mapper
|
|
||||||
public interface AppConfigMapper extends BaseMapper<AppConfig> {
|
|
||||||
|
|
||||||
AppConfig getAppConfigByAppName(@Param("appName") String appName);
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
@ -14,13 +14,14 @@ import java.util.List;
|
|||||||
@Mapper
|
@Mapper
|
||||||
public interface JobMapper extends BaseMapper<Job> {
|
public interface JobMapper extends BaseMapper<Job> {
|
||||||
|
|
||||||
List<Job> selectRunningJobs(@Param("appId") Integer appId);
|
List<Job> selectRunningJobs();
|
||||||
|
|
||||||
List<Job> selectWaitingJobs(@Param("appId") Integer appId, @Param("size") Integer size);
|
Job selectNextWaitingJob();
|
||||||
|
|
||||||
List<Job> selectJobListByPage(@Param("appId") Integer appId,
|
List<Job> selectJobList(@Param("type") Integer type);
|
||||||
@Param("type") Integer type,
|
|
||||||
@Param("filterCreating") Boolean filterCreating,
|
List<Job> selectJobListByPage(@Param("type") Integer type,
|
||||||
|
@Param("filterCreating") Boolean filterCreating,
|
||||||
@Param("offset") Integer offset,
|
@Param("offset") Integer offset,
|
||||||
@Param("count") Integer count);
|
@Param("count") Integer count);
|
||||||
|
|
||||||
|
|||||||
@ -1,35 +0,0 @@
|
|||||||
package com.weilab.biology.service;
|
|
||||||
|
|
||||||
import com.baomidou.mybatisplus.extension.service.impl.ServiceImpl;
|
|
||||||
import com.weilab.biology.core.data.dto.AppConfigDto;
|
|
||||||
import com.weilab.biology.core.data.po.AppConfig;
|
|
||||||
import com.weilab.biology.mapper.AppConfigMapper;
|
|
||||||
import org.springframework.beans.factory.annotation.Autowired;
|
|
||||||
import org.springframework.stereotype.Service;
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
* <p>
|
|
||||||
* 应用配置信息 服务实现类
|
|
||||||
* </p>
|
|
||||||
*
|
|
||||||
* @author
|
|
||||||
* @since 2023-05-05
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
@Service
|
|
||||||
public class AppConfigService extends ServiceImpl<AppConfigMapper, AppConfig> {
|
|
||||||
|
|
||||||
@Autowired
|
|
||||||
private AppConfigMapper appConfigMapper;
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
* 通过appName获取应用配置
|
|
||||||
*
|
|
||||||
* @param appName 唯一应用名
|
|
||||||
* @return AppConfigDto
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
public AppConfigDto getAppConfig(String appName) {
|
|
||||||
return AppConfigDto.parse(appConfigMapper.getAppConfigByAppName(appName));
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
@ -1,11 +1,8 @@
|
|||||||
package com.weilab.biology.service;
|
package com.weilab.biology.service;
|
||||||
|
|
||||||
import cn.hutool.core.io.FileUtil;
|
import cn.hutool.core.io.FileUtil;
|
||||||
import cn.hutool.core.util.StrUtil;
|
|
||||||
import com.alibaba.fastjson.JSON;
|
import com.alibaba.fastjson.JSON;
|
||||||
import com.alibaba.fastjson.JSONObject;
|
import com.alibaba.fastjson.JSONObject;
|
||||||
import com.baomidou.mybatisplus.extension.service.impl.ServiceImpl;
|
|
||||||
import com.weilab.biology.core.data.dto.AppConfigDto;
|
|
||||||
import com.weilab.biology.core.data.dto.JobDto;
|
import com.weilab.biology.core.data.dto.JobDto;
|
||||||
import com.weilab.biology.core.data.dto.JobLessDto;
|
import com.weilab.biology.core.data.dto.JobLessDto;
|
||||||
import com.weilab.biology.core.data.enums.JobStatusEnum;
|
import com.weilab.biology.core.data.enums.JobStatusEnum;
|
||||||
@ -14,15 +11,17 @@ import com.weilab.biology.core.data.vo.result.CommonError;
|
|||||||
import com.weilab.biology.core.data.vo.result.Result;
|
import com.weilab.biology.core.data.vo.result.Result;
|
||||||
import com.weilab.biology.core.data.vo.result.error.JobError;
|
import com.weilab.biology.core.data.vo.result.error.JobError;
|
||||||
import com.weilab.biology.mapper.JobMapper;
|
import com.weilab.biology.mapper.JobMapper;
|
||||||
|
import com.weilab.biology.util.FileUtils;
|
||||||
import com.weilab.biology.util.MailUtil;
|
import com.weilab.biology.util.MailUtil;
|
||||||
import com.weilab.biology.util.TaskExecutorUtil;
|
import com.weilab.biology.util.TaskExecutorUtil;
|
||||||
import lombok.extern.slf4j.Slf4j;
|
import lombok.extern.slf4j.Slf4j;
|
||||||
import org.springframework.beans.factory.annotation.Autowired;
|
import org.springframework.beans.factory.annotation.Autowired;
|
||||||
|
import org.springframework.beans.factory.annotation.Value;
|
||||||
import org.springframework.stereotype.Service;
|
import org.springframework.stereotype.Service;
|
||||||
import org.springframework.transaction.annotation.Transactional;
|
import org.springframework.transaction.annotation.Transactional;
|
||||||
import org.springframework.web.multipart.MultipartFile;
|
|
||||||
|
|
||||||
import java.io.IOException;
|
import java.io.BufferedInputStream;
|
||||||
|
import java.io.File;
|
||||||
import java.time.LocalDateTime;
|
import java.time.LocalDateTime;
|
||||||
import java.time.format.DateTimeFormatter;
|
import java.time.format.DateTimeFormatter;
|
||||||
import java.util.List;
|
import java.util.List;
|
||||||
@ -35,7 +34,22 @@ import java.util.stream.Collectors;
|
|||||||
*/
|
*/
|
||||||
@Service
|
@Service
|
||||||
@Slf4j
|
@Slf4j
|
||||||
public class JobService extends ServiceImpl<JobMapper, Job> {
|
public class JobService {
|
||||||
|
|
||||||
|
@Value("${biology.python-cmd}")
|
||||||
|
private String pythonCmd;
|
||||||
|
|
||||||
|
@Value("${biology.request-path}")
|
||||||
|
private String requestPath;
|
||||||
|
|
||||||
|
@Value("${biology.result-path}")
|
||||||
|
private String resultDataPath;
|
||||||
|
|
||||||
|
@Value("${biology.log-path}")
|
||||||
|
private String logPath;
|
||||||
|
|
||||||
|
@Value("${biology.concurrent-num}")
|
||||||
|
private Integer concurrentNum;
|
||||||
|
|
||||||
@Autowired
|
@Autowired
|
||||||
private JobMapper jobMapper;
|
private JobMapper jobMapper;
|
||||||
@ -46,63 +60,79 @@ public class JobService extends ServiceImpl<JobMapper, Job> {
|
|||||||
@Autowired
|
@Autowired
|
||||||
private TaskExecutorUtil<?> taskExecutorUtil;
|
private TaskExecutorUtil<?> taskExecutorUtil;
|
||||||
|
|
||||||
@Autowired
|
@Value("${email.subject}")
|
||||||
private AppConfigService appConfigService;
|
private String SUBJECT;
|
||||||
|
|
||||||
|
@Value("${email.content.success}")
|
||||||
|
private String SUCCESS_EMAIL_CONTENT;
|
||||||
|
|
||||||
|
@Value("${email.content.fail}")
|
||||||
|
private String FAIL_EMAIL_CONTENT;
|
||||||
|
|
||||||
|
@Value("${email.content.timeout}")
|
||||||
|
private String TIMEOUT_EMAIL_CONTENT;
|
||||||
|
|
||||||
|
@Value("${email.content.received}")
|
||||||
|
private String RECEIVED_EMAIL_CONTENT;
|
||||||
|
|
||||||
|
@Value("${email.content.running}")
|
||||||
|
private String START_RUNNING_EMAIL_CONTENT;
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
/**
|
||||||
* 提交job
|
* 提交job
|
||||||
*/
|
*/
|
||||||
@Transactional
|
@Transactional
|
||||||
public Result submit(AppConfigDto appConfig, String dataStr, MultipartFile dataFile, JSONObject param, Job job) {
|
public Result submit(String dataStr, BufferedInputStream dataStream, JSONObject param, Job job) {
|
||||||
|
jobMapper.insert(job);
|
||||||
|
sendEmail(job, JobStatusEnum.WAIT, job.getMail());
|
||||||
|
|
||||||
try {
|
try {
|
||||||
// dataStr和dataFile均为蛋白质序列，两者含义相同只保留其一，dataFile的优先级大于dataStr
|
//将请求数据写入本地文件，之后向python传递文件路径参数
|
||||||
// 若dataFile为空，则将dataStr写入本地文件，之后向python传递文件路径参数
|
String dataPath = String.format(requestPath + File.separator + "job-%d-dataStr.txt", job.getJobId());
|
||||||
String dataPath = String.format(appConfig.getRequestPath() + "job-%s-dataStr.txt", job.getJobId());
|
if (dataStream != null) {
|
||||||
if (dataFile != null) {
|
FileUtil.writeFromStream(dataStream, dataPath);
|
||||||
FileUtil.writeFromStream(dataFile.getInputStream(), dataPath);
|
} else {
|
||||||
} else if (!StrUtil.isBlank(dataStr)) {
|
FileUtils.writeStringToFile(dataPath, dataStr);
|
||||||
FileUtil.writeBytes(dataStr.getBytes(), dataPath);
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
//将jobId和dataPath参数添加至param中
|
//将jobId和dataPath参数添加至param中
|
||||||
param.put("jobId", job.getJobId());
|
param.put("jobId", job.getJobId());
|
||||||
param.put("requestDataPath", dataPath);
|
param.put("requestDataPath", dataPath);
|
||||||
param.put("resultDataPath", appConfig.getResultPath());
|
param.put("resultDataPath", resultDataPath);
|
||||||
} catch (IOException e) {
|
|
||||||
throw new RuntimeException(e);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
// 更新数据库param字段
|
//更新数据库param字段
|
||||||
job.setParam(JSON.toJSONString(param));
|
job.setParam(JSON.toJSONString(param));
|
||||||
this.saveOrUpdate(job);
|
jobMapper.updateById(job);
|
||||||
updateJobStatus(job, JobStatusEnum.WAITING);
|
|
||||||
|
runNextJob();
|
||||||
|
} catch (Exception e) {
|
||||||
|
e.printStackTrace();
|
||||||
|
updateJobStatus(job.getJobId(), JobStatusEnum.FAIL);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
return getJobInfo(job.getJobId());
|
return getJobInfo(job.getJobId());
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
public Result getJobInfo(String jobId) {
|
public Result getJobInfo(Integer jobId) {
|
||||||
|
Job job = jobMapper.selectById(jobId);
|
||||||
|
if (job == null)
|
||||||
|
return Result.getResult(CommonError.CONTENT_NOT_FOUND);
|
||||||
|
return Result.success(JobDto.parseJob(job));
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Result updateJobStatus(Integer jobId, JobStatusEnum status) {
|
||||||
|
return updateJobStatus(jobId, status, null);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Result updateJobStatus(Integer jobId, JobStatusEnum status, String result) {
|
||||||
|
System.out.println(status.getRemark());
|
||||||
Job job = jobMapper.selectById(jobId);
|
Job job = jobMapper.selectById(jobId);
|
||||||
if (job == null) {
|
if (job == null) {
|
||||||
return Result.getResult(CommonError.CONTENT_NOT_FOUND);
|
return Result.getResult(CommonError.CONTENT_NOT_FOUND);
|
||||||
}
|
}
|
||||||
return Result.success(JobDto.parseJob(job));
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public Result updateJobStatus(Job job, JobStatusEnum status) {
|
|
||||||
return updateJobStatus(job, status, null);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
* 更新任务状态
|
|
||||||
*
|
|
||||||
* @param job 任务
|
|
||||||
* @param status 状态
|
|
||||||
* @param result 任务运行结果
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
public Result updateJobStatus(Job job, JobStatusEnum status, String result) {
|
|
||||||
switch (status) {
|
switch (status) {
|
||||||
case WAITING:
|
case WAIT:
|
||||||
case CREATING:
|
|
||||||
break;
|
break;
|
||||||
case SUCCESS:
|
case SUCCESS:
|
||||||
job.setCompleteTime(LocalDateTime.now());
|
job.setCompleteTime(LocalDateTime.now());
|
||||||
@ -111,7 +141,7 @@ public class JobService extends ServiceImpl<JobMapper, Job> {
|
|||||||
case FAIL:
|
case FAIL:
|
||||||
case TIMEOUT:
|
case TIMEOUT:
|
||||||
if (!job.getStatus().equals(JobStatusEnum.RUNNING.getKey())
|
if (!job.getStatus().equals(JobStatusEnum.RUNNING.getKey())
|
||||||
&& !job.getStatus().equals(JobStatusEnum.REQED.getKey())) {
|
&& !job.getStatus().equals(JobStatusEnum.REQED.getKey())){
|
||||||
return Result.getResult(JobError.STATUS_UPDATE_FAIL);
|
return Result.getResult(JobError.STATUS_UPDATE_FAIL);
|
||||||
}
|
}
|
||||||
job.setCompleteTime(LocalDateTime.now());
|
job.setCompleteTime(LocalDateTime.now());
|
||||||
@ -120,7 +150,7 @@ public class JobService extends ServiceImpl<JobMapper, Job> {
|
|||||||
if (!job.getStatus().equals(JobStatusEnum.REQED.getKey())) {
|
if (!job.getStatus().equals(JobStatusEnum.REQED.getKey())) {
|
||||||
return Result.getResult(JobError.STATUS_UPDATE_FAIL);
|
return Result.getResult(JobError.STATUS_UPDATE_FAIL);
|
||||||
}
|
}
|
||||||
job.setRequestTime(LocalDateTime.now());
|
job.setCreateTime(LocalDateTime.now());
|
||||||
break;
|
break;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
@ -128,96 +158,104 @@ public class JobService extends ServiceImpl<JobMapper, Job> {
|
|||||||
jobMapper.updateById(job);
|
jobMapper.updateById(job);
|
||||||
|
|
||||||
sendEmail(job, status, job.getMail());
|
sendEmail(job, status, job.getMail());
|
||||||
|
runNextJob();
|
||||||
|
|
||||||
return getJobInfo(job.getJobId());
|
return getJobInfo(jobId);
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
public Result getJobList(Integer appId, Integer type, Boolean filterCreating, Integer page, Integer size) {
|
public Result getJobList(Integer type) {
|
||||||
List<Job> jobs = jobMapper.selectJobListByPage(appId, type, filterCreating, (page - 1) * size, size);
|
List<Job> jobs = jobMapper.selectJobList(type);
|
||||||
|
return Result.success(jobs.stream().map(JobLessDto::parseJob).collect(Collectors.toList()));
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Result getJobList(Integer type, Boolean filterCreating, Integer page, Integer size) {
|
||||||
|
List<Job> jobs = jobMapper.selectJobListByPage(type, filterCreating, (page - 1) * size, size);
|
||||||
return Result.success(jobs.stream().map(JobLessDto::parseJob).collect(Collectors.toList()));
|
return Result.success(jobs.stream().map(JobLessDto::parseJob).collect(Collectors.toList()));
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
/**
|
||||||
* 运行job
|
* 运行下一个job
|
||||||
*/
|
*/
|
||||||
public synchronized void runJob() {
|
private synchronized void runNextJob() {
|
||||||
List<AppConfigDto> appConfigList = appConfigService.list().stream()
|
Job nextJob = null;
|
||||||
.map(AppConfigDto::parse)
|
|
||||||
.collect(Collectors.toList());
|
|
||||||
appConfigList.forEach(appConfig -> {
|
|
||||||
//并发数小于concurrentNum，运行job
|
|
||||||
int size = appConfig.getConcurrentNum() - jobMapper.selectRunningJobs(appConfig.getAppId()).size();
|
|
||||||
if (size <= 0) {
|
|
||||||
return;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
jobMapper.selectWaitingJobs(appConfig.getAppId(), size)
|
|
||||||
.forEach(job -> runJob(appConfig, job));
|
|
||||||
});
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
private void runJob(AppConfigDto appConfig, Job job) {
|
|
||||||
try {
|
try {
|
||||||
FileUtil.mkdir(appConfig.getLogPath());
|
//并发数小于concurrentNum，运行该job
|
||||||
String logFilePath = String.format(appConfig.getLogPath() + "task-log-%s.txt", job.getJobId());
|
if (jobMapper.selectRunningJobs().size() < concurrentNum) {
|
||||||
String cmd = String.format("%s -setting '%s' >> %s 2>&1", appConfig.getCmd(), job.getParam(), logFilePath);
|
if ((nextJob = jobMapper.selectNextWaitingJob()) != null) {
|
||||||
String[] cmds = new String[]{"/bin/sh", "-c", cmd};
|
//更新job状态
|
||||||
Runtime.getRuntime().exec(cmds);
|
nextJob.setStatus(JobStatusEnum.REQED.getKey());
|
||||||
log.info("执行命令: " + cmd);
|
jobMapper.updateById(nextJob);
|
||||||
|
|
||||||
// 更新job状态
|
waitRunning(nextJob.getJobId());
|
||||||
updateJobStatus(job, JobStatusEnum.REQED);
|
|
||||||
|
|
||||||
// 异步检测超时
|
String logFilePath = String.format(logPath + File.separator + "task-log-%s.txt", nextJob.getJobId());
|
||||||
asyncScheduleTask(appConfig, job.getJobId());
|
String cmd = String.format("%s -setting '%s' >> %s 2>&1", pythonCmd, nextJob.getParam(), logFilePath);
|
||||||
|
|
||||||
|
log.info("执行命令: " + cmd);
|
||||||
|
|
||||||
|
String[] cmds = new String[]{"/bin/sh", "-c", cmd};
|
||||||
|
|
||||||
|
Runtime.getRuntime().exec(cmds);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
} catch (Exception e) {
|
} catch (Exception e) {
|
||||||
e.printStackTrace();
|
e.printStackTrace();
|
||||||
updateJobStatus(job, JobStatusEnum.FAIL);
|
if (nextJob != null) {
|
||||||
|
nextJob.setStatus(JobStatusEnum.FAIL.getKey());
|
||||||
|
jobMapper.updateById(nextJob);
|
||||||
|
}
|
||||||
}
|
}
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
/**
|
||||||
* 开启异步定时任务，校验超时任务
|
* 等待运行
|
||||||
*/
|
*/
|
||||||
private void asyncScheduleTask(AppConfigDto appConfig, String jobId) {
|
private void waitRunning(Integer jobId) {
|
||||||
//等待120秒，检查是否已运行
|
//等待120秒，检查是否已运行
|
||||||
taskExecutorUtil.schedule(() -> {
|
taskExecutorUtil.schedule(() -> {
|
||||||
Job job = jobMapper.selectById(jobId);
|
Job job = jobMapper.selectById(jobId);
|
||||||
if (job.getStatus().equals(JobStatusEnum.REQED.getKey())) {
|
if (job.getStatus().equals(JobStatusEnum.REQED.getKey())) {
|
||||||
updateJobStatus(job, JobStatusEnum.FAIL);
|
updateJobStatus(jobId, JobStatusEnum.FAIL);
|
||||||
}
|
}
|
||||||
}, 120, TimeUnit.SECONDS);
|
}, 120, TimeUnit.SECONDS);
|
||||||
|
|
||||||
//等待一段时间后，查看是否执行完成
|
//等待14小时，查看是否执行完成
|
||||||
taskExecutorUtil.schedule(() -> {
|
taskExecutorUtil.schedule(() -> {
|
||||||
Job job = jobMapper.selectById(jobId);
|
Job job = jobMapper.selectById(jobId);
|
||||||
if (job.getStatus().equals(JobStatusEnum.RUNNING.getKey())) {
|
if (job.getStatus().equals(JobStatusEnum.RUNNING.getKey())) {
|
||||||
updateJobStatus(job, JobStatusEnum.TIMEOUT);
|
updateJobStatus(jobId, JobStatusEnum.TIMEOUT);
|
||||||
}
|
}
|
||||||
}, appConfig.getTimeout(), TimeUnit.MINUTES);
|
}, 14, TimeUnit.HOURS);
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
private void sendEmail(Job job, JobStatusEnum status, String mail) {
|
private void sendEmail(Job job, JobStatusEnum status, String mail) {
|
||||||
AppConfigDto appConfig = AppConfigDto.parse(appConfigService.getById(job.getAppId()));
|
|
||||||
if (appConfig == null) {
|
|
||||||
return;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
// 多个参数
|
// 多个参数
|
||||||
String jobId = job.getJobId();
|
String param1 = job.getRequestTime().format(DateTimeFormatter.ofPattern("yyyyMMdd")) + job.getJobId();
|
||||||
String time = LocalDateTime.now().format(DateTimeFormatter.ofPattern("yyyy-MM-dd HH:mm:ss"));
|
String param2 = param1;
|
||||||
|
|
||||||
String content = appConfig.getEmailTemplate().getString(status.getRemark());
|
String content = null;
|
||||||
String subject = appConfig.getEmailTemplate().getString("subject");
|
switch (status) {
|
||||||
if (StrUtil.isBlank(content) || StrUtil.isBlank(subject)) {
|
case WAIT:
|
||||||
return;
|
content = RECEIVED_EMAIL_CONTENT;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
case SUCCESS:
|
||||||
|
content = SUCCESS_EMAIL_CONTENT;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
case FAIL:
|
||||||
|
content = FAIL_EMAIL_CONTENT;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
case TIMEOUT:
|
||||||
|
content = TIMEOUT_EMAIL_CONTENT;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
case RUNNING:
|
||||||
|
content = START_RUNNING_EMAIL_CONTENT;
|
||||||
|
break;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
// 格式化填充参数
|
|
||||||
content = content.replaceAll("%jobId%", jobId).replaceAll("%time%", time);
|
|
||||||
subject = subject.replaceAll("%jobId%", jobId).replaceAll("%time%", time);
|
|
||||||
|
|
||||||
mailUtil.send(mail, subject, content);
|
if (content != null) {
|
||||||
|
mailUtil.send(mail, String.format(SUBJECT, param1), String.format(content, param1, param2));
|
||||||
|
}
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|||||||
118
src/main/java/com/weilab/biology/util/FileUtils.java
Normal file
118
src/main/java/com/weilab/biology/util/FileUtils.java
Normal file
@ -0,0 +1,118 @@
|
|||||||
|
package com.weilab.biology.util;
|
||||||
|
|
||||||
|
import org.springframework.web.multipart.MultipartFile;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.*;
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
* 文件读取工具类
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
public class FileUtils {
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
* MultipartFile 转换成File
|
||||||
|
*
|
||||||
|
* @param multfile 原文件类型
|
||||||
|
* @return File
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
public static File multipartToFile(MultipartFile multfile) {
|
||||||
|
File file = null;
|
||||||
|
try {
|
||||||
|
file = File.createTempFile("prefix", "_" + multfile.getOriginalFilename());
|
||||||
|
multfile.transferTo(file);
|
||||||
|
} catch (IOException e) {
|
||||||
|
e.printStackTrace();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return file;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
* 读取文件内容，作为字符串返回
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
public static String readFileAsString(String filePath) throws IOException {
|
||||||
|
File file = new File(filePath);
|
||||||
|
if (!file.exists()) {
|
||||||
|
throw new FileNotFoundException(filePath);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return readFileAsString(file);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
* 读取文件内容，作为字符串返回
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
public static String readFileAsString(File file) throws IOException {
|
||||||
|
StringBuilder sb = new StringBuilder((int) (file.length()));
|
||||||
|
// 创建字节输入流
|
||||||
|
FileInputStream fis = new FileInputStream(file);
|
||||||
|
// 创建一个长度为10240的Buffer
|
||||||
|
byte[] bbuf = new byte[10240];
|
||||||
|
// 用于保存实际读取的字节数
|
||||||
|
int hasRead = 0;
|
||||||
|
while ((hasRead = fis.read(bbuf)) > 0) {
|
||||||
|
sb.append(new String(bbuf, 0, hasRead));
|
||||||
|
}
|
||||||
|
fis.close();
|
||||||
|
return sb.toString();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
* 根据文件路径读取byte[] 数组
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
public static byte[] readFileAsBytes(String filePath) throws IOException {
|
||||||
|
File file = new File(filePath);
|
||||||
|
if (!file.exists()) {
|
||||||
|
throw new FileNotFoundException(filePath);
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
return readFileAsBytes(file);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
* 根据文件读取byte[]数组
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
public static byte[] readFileAsBytes(File file) throws IOException {
|
||||||
|
if (file == null) {
|
||||||
|
throw new FileNotFoundException();
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
ByteArrayOutputStream bos = new ByteArrayOutputStream((int) file.length());
|
||||||
|
BufferedInputStream in = null;
|
||||||
|
|
||||||
|
try {
|
||||||
|
in = new BufferedInputStream(new FileInputStream(file));
|
||||||
|
short bufSize = 1024;
|
||||||
|
byte[] buffer = new byte[bufSize];
|
||||||
|
int len1;
|
||||||
|
while (-1 != (len1 = in.read(buffer, 0, bufSize))) {
|
||||||
|
bos.write(buffer, 0, len1);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return bos.toByteArray();
|
||||||
|
} finally {
|
||||||
|
try {
|
||||||
|
if (in != null) {
|
||||||
|
in.close();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
} catch (IOException var14) {
|
||||||
|
var14.printStackTrace();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
bos.close();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
public static void writeStringToFile(String filePath, String content) throws IOException {
|
||||||
|
BufferedOutputStream bufferedOutputStream = new BufferedOutputStream(new FileOutputStream(filePath));
|
||||||
|
bufferedOutputStream.write(content.getBytes());
|
||||||
|
bufferedOutputStream.flush();
|
||||||
|
bufferedOutputStream.close();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public static void writeByteToFile(String filePath, byte[] content) throws IOException {
|
||||||
|
BufferedOutputStream bufferedOutputStream = new BufferedOutputStream(new FileOutputStream(filePath));
|
||||||
|
bufferedOutputStream.write(content);
|
||||||
|
bufferedOutputStream.flush();
|
||||||
|
bufferedOutputStream.close();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
@ -1,20 +0,0 @@
|
|||||||
package com.weilab.biology.util;
|
|
||||||
|
|
||||||
import cn.hutool.core.util.IdUtil;
|
|
||||||
|
|
||||||
import java.time.LocalDate;
|
|
||||||
import java.time.LocalDateTime;
|
|
||||||
import java.time.format.DateTimeFormatter;
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
* @author yurui
|
|
||||||
* @date 2023/6/13
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
public class JobIdUtil {
|
|
||||||
|
|
||||||
public static String newId() {
|
|
||||||
return LocalDateTime.now().format(DateTimeFormatter.ofPattern("yyyyMMddHHmmss"))
|
|
||||||
+ IdUtil.fastUUID().substring(0, 8);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
@ -7,6 +7,9 @@ import org.springframework.mail.SimpleMailMessage;
|
|||||||
import org.springframework.mail.javamail.JavaMailSenderImpl;
|
import org.springframework.mail.javamail.JavaMailSenderImpl;
|
||||||
import org.springframework.stereotype.Component;
|
import org.springframework.stereotype.Component;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.util.HashMap;
|
||||||
|
import java.util.Map;
|
||||||
|
|
||||||
@Component
|
@Component
|
||||||
@Slf4j
|
@Slf4j
|
||||||
public class MailUtil {
|
public class MailUtil {
|
||||||
|
|||||||
@ -1,30 +0,0 @@
|
|||||||
create table app_config
|
|
||||||
(
|
|
||||||
app_id int auto_increment comment '应用ID'
|
|
||||||
primary key,
|
|
||||||
app_name varchar(100) not null comment '应用名',
|
|
||||||
concurrent_num int default 1 not null comment '并发数',
|
|
||||||
cmd varchar(500) not null comment '命令行',
|
|
||||||
timeout bigint default 840 not null comment '任务超时时间(单位:分钟)',
|
|
||||||
local_path varchar(100) default '/data' not null comment '放置文件的路径',
|
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||||||
email_template json not null comment '邮件格式(json格式:{"subject":"**","success":"**"})',
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|
||||||
constraint app_config_app_name_uniq
|
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||||||
unique (app_name)
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||||||
)
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||||||
comment '应用配置信息';
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||||||
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||||||
create table job
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||||||
(
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job_id varchar(200) not null comment 'jobId'
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||||||
primary key,
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||||||
app_id int not null comment '应用ID',
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||||||
param varchar(10000) null comment '请求参数',
|
|
||||||
mail varchar(500) null comment '联系邮箱',
|
|
||||||
result text null comment '运行结果',
|
|
||||||
status tinyint null comment '任务状态。0为待运行，1为正在运行，2为运行成功，-1为运行失败',
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|
||||||
request_time datetime null comment '请求时间',
|
|
||||||
create_time datetime null comment '创建时间',
|
|
||||||
complete_time datetime null comment '完成时间',
|
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||||||
type int null comment '请求类型'
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|
||||||
);
|
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||||||
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||||||
@ -1,28 +0,0 @@
|
|||||||
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
|
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||||||
<!DOCTYPE mapper PUBLIC "-//mybatis.org//DTD Mapper 3.0//EN" "http://mybatis.org/dtd/mybatis-3-mapper.dtd">
|
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||||||
<mapper namespace="com.weilab.biology.mapper.AppConfigMapper">
|
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||||||
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<!-- 通用查询映射结果 -->
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<resultMap id="BaseResultMap" type="com.weilab.biology.core.data.po.AppConfig">
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||||||
<id column="app_id" property="appId"/>
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||||||
<result column="app_name" property="appName"/>
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||||||
<result column="concurrent_num" property="concurrentNum"/>
|
|
||||||
<result column="cmd" property="cmd"/>
|
|
||||||
<result column="timeout" property="timeout"/>
|
|
||||||
<result column="local_path" property="localPath"/>
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||||||
<result column="email_template" property="emailTemplate"/>
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||||||
</resultMap>
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||||||
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<sql id="AppConfigSql">
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SELECT app_id, app_name, concurrent_num, cmd, timeout, local_path, email_template
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FROM app_config
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</sql>
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||||||
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<select id="getAppConfigByAppName" resultType="com.weilab.biology.core.data.po.AppConfig"
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||||||
parameterType="java.lang.String">
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||||||
<include refid="AppConfigSql"/>
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||||||
WHERE app_name = #{appName}
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</select>
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||||||
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||||||
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||||||
</mapper>
|
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||||||
@ -2,7 +2,8 @@
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|||||||
<!DOCTYPE mapper PUBLIC "-//mybatis.org//DTD Mapper 3.0//EN" "http://mybatis.org/dtd/mybatis-3-mapper.dtd">
|
<!DOCTYPE mapper PUBLIC "-//mybatis.org//DTD Mapper 3.0//EN" "http://mybatis.org/dtd/mybatis-3-mapper.dtd">
|
||||||
<mapper namespace="com.weilab.biology.mapper.JobMapper">
|
<mapper namespace="com.weilab.biology.mapper.JobMapper">
|
||||||
<resultMap id="BaseResultMap" type="com.weilab.biology.core.data.po.Job">
|
<resultMap id="BaseResultMap" type="com.weilab.biology.core.data.po.Job">
|
||||||
<id column="job_id" jdbcType="VARCHAR" property="jobId"/>
|
<id column="job_id" jdbcType="INTEGER" property="jobId"/>
|
||||||
|
<result column="data" jdbcType="LONGVARCHAR" property="data"/>
|
||||||
<result column="param" jdbcType="VARCHAR" property="param"/>
|
<result column="param" jdbcType="VARCHAR" property="param"/>
|
||||||
<result column="mail" jdbcType="VARCHAR" property="mail"/>
|
<result column="mail" jdbcType="VARCHAR" property="mail"/>
|
||||||
<result column="result" jdbcType="LONGVARCHAR" property="result"/>
|
<result column="result" jdbcType="LONGVARCHAR" property="result"/>
|
||||||
@ -14,14 +15,15 @@
|
|||||||
</resultMap>
|
</resultMap>
|
||||||
<sql id="JobSql">
|
<sql id="JobSql">
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||||||
SELECT job_id,
|
SELECT job_id,
|
||||||
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`data`,
|
||||||
param,
|
param,
|
||||||
mail,
|
mail,
|
||||||
`result`,
|
result,
|
||||||
`status`,
|
`status`,
|
||||||
request_time,
|
request_time,
|
||||||
create_time,
|
create_time,
|
||||||
complete_time,
|
complete_time,
|
||||||
`type`
|
type
|
||||||
FROM job
|
FROM job
|
||||||
</sql>
|
</sql>
|
||||||
<sql id="JobLessSql">
|
<sql id="JobLessSql">
|
||||||
@ -30,29 +32,34 @@
|
|||||||
request_time,
|
request_time,
|
||||||
create_time,
|
create_time,
|
||||||
complete_time,
|
complete_time,
|
||||||
`type`
|
type
|
||||||
FROM job
|
FROM job
|
||||||
</sql>
|
</sql>
|
||||||
<select id="selectRunningJobs" resultMap="BaseResultMap">
|
<select id="selectRunningJobs" resultMap="BaseResultMap">
|
||||||
<include refid="JobSql"/>
|
<include refid="JobSql"/>
|
||||||
WHERE app_id = #{appId}
|
WHERE status = '${@com.weilab.biology.core.data.enums.JobStatusEnum@RUNNING.getKey()}'
|
||||||
AND (status = '${@com.weilab.biology.core.data.enums.JobStatusEnum@RUNNING.getKey()}'
|
OR status = '${@com.weilab.biology.core.data.enums.JobStatusEnum@REQED.getKey()}'
|
||||||
OR status = '${@com.weilab.biology.core.data.enums.JobStatusEnum@REQED.getKey()}')
|
|
||||||
</select>
|
</select>
|
||||||
|
<select id="selectNextWaitingJob" resultMap="BaseResultMap">
|
||||||
<select id="selectWaitingJobs" resultMap="BaseResultMap">
|
|
||||||
<include refid="JobSql"/>
|
<include refid="JobSql"/>
|
||||||
WHERE app_id = #{appId}
|
WHERE status = '${@com.weilab.biology.core.data.enums.JobStatusEnum@WAIT.getKey()}'
|
||||||
AND status = '${@com.weilab.biology.core.data.enums.JobStatusEnum@WAITING.getKey()}'
|
ORDER BY request_time LIMIT 1
|
||||||
ORDER BY create_time LIMIT #{size}
|
</select>
|
||||||
|
<select id="selectJobList" resultMap="BaseResultMap">
|
||||||
|
<include refid="JobLessSql"/>
|
||||||
|
<where>
|
||||||
|
<if test="type != null">
|
||||||
|
AND type = #{type}
|
||||||
|
</if>
|
||||||
|
AND request_time > DATE_SUB(CURDATE(), INTERVAL 3 MONTH)
|
||||||
|
</where>
|
||||||
|
ORDER BY job_id DESC
|
||||||
|
<!-- LIMIT #{count}-->
|
||||||
</select>
|
</select>
|
||||||
|
|
||||||
<select id="selectJobListByPage" resultMap="BaseResultMap">
|
<select id="selectJobListByPage" resultMap="BaseResultMap">
|
||||||
<include refid="JobLessSql"/>
|
<include refid="JobLessSql"/>
|
||||||
<where>
|
<where>
|
||||||
<if test="appId != null">
|
|
||||||
AND app_id = #{appId}
|
|
||||||
</if>
|
|
||||||
<if test="type != null">
|
<if test="type != null">
|
||||||
AND type = #{type}
|
AND type = #{type}
|
||||||
</if>
|
</if>
|
||||||
@ -61,6 +68,6 @@
|
|||||||
</if>
|
</if>
|
||||||
</where>
|
</where>
|
||||||
ORDER BY job_id DESC
|
ORDER BY job_id DESC
|
||||||
LIMIT #{offset}, #{count}
|
LIMIT #{offset}, #{count}
|
||||||
</select>
|
</select>
|
||||||
</mapper>
|
</mapper>
|
||||||
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